Em formação

Conversão de miRNA_ID em GENE_SYMBOL

Conversão de miRNA_ID em GENE_SYMBOL


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Eu tenho uma lista de IDs de miRNA e uma lista de IDs de mRNA e eles são de Mus musculus espécies. Eu converti a lista de IDs de mRNA em símbolos de genes por uma lista de dados que existiam no NCBI e a lista de IDs de miRNA em símbolos de genes usando Diana, mas tive problemas porque os símbolos de genes no NCBI não correspondiam aos símbolos de genes existentes no site de Diana. Acho que o problema é que a nomenclatura de símbolos de genes não segue uma regra específica em bancos de dados diferentes e não são padronizados. Alguém pode me dizer uma boa maneira de transformar as listas de mRNA e miRNA em uma plataforma, por exemplo, unigene que seria única em todos os tipos de bancos de dados?


Para nomes de genes de camundongos e outros detalhes, você deve consultar o banco de dados de informática do genoma de camundongos (é um banco de dados padrão específico para organismos como flybase [Drosophila], SGD [levedura], etc).

No entanto, é muito melhor trabalhar com IDs RefSeq. Além disso, os miRNAs raramente são referidos, usando seus nomes de genes. Sempre siga a convenção de nomenclatura de miRNA que é descrita em miRbase.

Não tenho certeza no que você está realmente interessado. Se você pretende mapear miRNAs para seus alvos, você pode usar um dos nomes de gene padrão junto com o RefSeq ID. Se você estiver usando miRanda ou TargetScan para prever os alvos, esses programas retornam diferentes identificadores para o gene alvo, incluindo seu nome oficial do gene.

Em geral, para conversão de ID, eu preferiria o BioMart.


Assista o vídeo: Custom Ariel Doll THE LITTLE MERMAID (Dezembro 2022).