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Como os eucariotos encerram a transcrição? (esclarecimento sobre a Biologia Campbell)

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Estou tendo problemas para entender como os eucariotos encerram a transcrição. Estudando Biologia Campbell (pág. 342, 10ª ed.), Eu li:

Em eucariotos, a RNA polimerase II transcreve a sequência do sinal de poliadenilação no DNA, que especifica um sinal de poliadenilação (AAUAAA) no pré-mRNA. Isso é chamado de "sinal" porque, uma vez que esse trecho de seis nucleotídeos de RNA aparece, ele é imediatamente ligado por certas proteínas no núcleo.

O texto continua com:

Então, em um ponto a cerca de 10-35 nucleotídeos a jusante do AAUAA, essas proteínas o cortam da polimerase, liberando o pré-mRNA.

Isso significa que o pré-mRNA continua a ser sintetizado para 10-35 nucleotídeos após AAUAA ser transcrito antes de ser finalmente cortado?

Muito obrigado.


De acordo com os Genes XI de Lewin - Krebs et. al na transcrição eucariótica, splicing e processamento de RNA

Não está claro se a RNA polimerase II realmente se envolve em um evento de terminação em um local específico. É possível que sua terminação seja especificada apenas vagamente. Em algumas unidades de transcrição, a terminação ocorre mais de 1000 bp a jusante do local, correspondendo à extremidade 3 'madura do mRNA (que é gerada por clivagem em uma sequência específica) em vez de usar sequências terminadoras específicas, a enzima cessa a síntese de RNA dentro vários sites localizados em "regiões de terminação" bastante longas. A natureza dos locais de terminação individuais é amplamente desconhecida.

Ele continua a dizer,

O local de clivagem / poliadenilação na maioria dos pré-mRNAs é flanqueado por dois cis- sinais atuantes: um motivo AAUAAA a montante, que está localizado de 11 a 30 nucleotídeos do local, e um elemento rico em U ou em GU a jusante. O AAUAAA é necessário para clivagem e poliadenilação porque a deleção ou mutação do hexâmero AAUAAA impede a geração da extremidade 3 'poliadenilada (embora em plantas e fungos possa haver uma variação considerável do motivo AAUAAA).

Devo acrescentar que o significado de 11 a 30, ou como você disse de 10 a 35 nucleotídeos, é que isso indica o tamanho aproximado do complexo proteico que está situado no RNA e onde está o sítio ativo da proteína. O domínio que reconhece a sequência de terminação tem cerca de 10 a 35 bases de largura. É provável que a variação se deva à sequência de RNA que segue a capacidade da sequência de terminação de formar uma estrutura de haste em alça.

Campbell tem uma abordagem necessariamente básica e menos matizada para as informações que eles fornecem sobre biologia molecular. A abordagem é fornecer alguns detalhes e mostrar as semelhanças evolutivas entre uma ampla gama de sistemas biológicos. A abordagem é boa, pois coloca você no estado de espírito de pensar sobre a interconexão dos sistemas biológicos.

Conforme você progride em seus estudos, você verá que a realidade e as especificidades são muito mais complexas e baseadas em exceções do que foi apresentado nos cursos introdutórios. Mas os cursos mais avançados passam um semestre inteiro focado no que Campbell cobre em um capítulo. Campbell é preciso, mas incompleto por necessidade.


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Os eucariotos têm três RNA polimerases diferentes: RNA polimerase I, II e III. & # 160 Eles são estruturalmente semelhantes entre si e compartilham características comuns com RNA polimerases procarióticas; no entanto, eles transcrevem diferentes classes de RNA. & # 160

A RNA polimerase I transcreve a maioria dos genes do RNA ribossomal, enquanto a RNA polimerase III transcreve genes de tRNA, alguns snRNA e outros pequenos genes de RNA.

A maioria dos genes de RNA que codificam proteínas são transcritos pela RNA polimerase II.

O domínio carboxi-terminal do & # 160RNA Polimerase II serve como um sítio de ligação para vários fatores de transcrição que regulam sua atividade enzimática. A ligação desses fatores depende do padrão de fosforilação desse domínio.

Para a RNA polimerase II, o promotor mais bem estudado é denominado TATA box. Tem uma sequência de DNA conservada, mais comumente T-A-T-A-A-A, que geralmente está localizada 25 nucleotídeos a montante do local de início da transcrição.

A RNA polimerase II é guiada para o local do promotor por um conjunto de proteínas conhecidas como fatores gerais de transcrição, especificamente Fator de Transcrição 2 ou TFII, com as variantes A, B, D, E, F e H.

A transcrição começa com a ligação do TFIID à caixa TATÁ. A proteína de ligação da TATA box, ou TBP, que é um componente do TFIID, reconhece a sequência de DNA da TATA box. & # 160

Em seguida, TBP associa-se com TFIIA e TFIIB, construindo uma plataforma para RNA polimerase para montar com TFIIF no local do promotor. & # 160

Finalmente, TFIIE e TFIIH unem esses componentes para formar o complexo de iniciação. & # 160

Em seguida, TFIIH desenrola o duplex de DNA em torno do local de início e fosforila o domínio C-terminal da RNA polimerase.

Esta fosforilação muda a conformação da polimerase, permitindo que ela se liberte do complexo de iniciação e comece a transcrição no local de início. & # 160

Assim que a RNA polimerase II começa a sintetizar o transcrito de RNA, a maioria dos fatores gerais de transcrição são liberados do DNA.

8.8: Polimerases de RNA eucarióticas

A RNA polimerase (RNAP) é conservada em todos os animais, com RNAPs bacterianos, arqueanos e eucarióticos compartilhando sequências significativas, semelhanças estruturais e funcionais. Entre os três RNAPs eucarióticos, a RNA Polimerase II é mais semelhante à RNAP bacteriana em termos de organização estrutural e topologias de dobramento das subunidades enzimáticas. No entanto, essas semelhanças não se refletem em seu mecanismo de ação.

Todos os três RNAPs eucarióticos requerem fatores de transcrição específicos, dos quais a proteína de ligação a TATA é comum a todos. Essas proteínas permanecem ligadas ao RNAP para guiar a direção da síntese de RNA na fita de DNA molde.

Uma vez que o RNAP tenha iniciado o alongamento, os fatores de transcrição são liberados do DNA, para que possam iniciar outra rodada de transcrição com uma nova molécula de RNA polimerase. O RNAP agora se liga fortemente ao molde de DNA e continua a sintetizar o transcrito de RNA para sequências longas a longas distâncias, sem se dissociar do DNA.

Ao contrário dos sinais de terminação codificados por genes bacterianos, os genes que codificam proteínas transcritos pela RNA Polimerase II carecem de sequências específicas que direcionam a enzima para terminar em locais precisos. A via de terminação mais comum, conhecida como terminação dependente de Poly (A), combina a poliadenilação do transcrito de mRNA com a terminação RNAP. Aqui, enquanto a RNA polimerase II continua a transcrever o RNA, às vezes até milhares de pares de bases além do final da sequência do gene, o transcrito é clivado em um local interno. Assim, a parte a montante do transcrito é liberada e uma cauda de poliadenina pode ser adicionada à extremidade 3 & # 8217 do transcrito clivado. O produto de clivagem a jusante é digerido por uma exonuclease 5 & # 8242 enquanto ainda está sendo transcrito pela RNA Polimerase II. Quando a exonulease 5 & # 8242 digere todo o transcrito restante, ela ajuda a RNAP a se dissociar de sua fita modelo de DNA, completando assim a transcrição.


Enhancers

Certo E. coli os genes incluem sequências a montante da região do promotor estendida. Os genes para a produção de RNA ribossômico têm três locais a montante, chamados Sites fis porque são locais de ligação para a proteína chamada Fis (Figura 11.9). Esses locais se estendem do final do elemento UP em –60 a –150, e são exemplos de uma classe de sequências de DNA chamadas potenciadores. Intensificadores são sequências que podem ser ligadas por proteínas chamadas fatores de transcrição.



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Campbell Biology 10ª edição, Capítulo 17

Garrod formulou a hipótese de que os "erros quotinatos do metabolismo", como a alcaptonúria, ocorrem porque _____.

A) as enzimas metabólicas requerem cofatores de vitaminas, e os indivíduos afetados têm deficiências nutricionais significativas

B) as enzimas são feitas de DNA, e os indivíduos afetados não têm DNA polimerase

C) certas reações metabólicas são realizadas por ribozimas, e os indivíduos afetados não possuem os principais fatores de splicing

D) os genes ditam a produção de enzimas específicas, e os indivíduos afetados têm defeitos genéticos que fazem com que faltem certas enzimas

D) os genes ditam a produção de enzimas específicas, e os indivíduos afetados têm defeitos genéticos que fazem com que faltem certas enzimas

Um tripleto particular de bases na cadeia molde de DNA é 5 'AGT 3'. O códon correspondente para o mRNA transcrito é _____.

O código genético é essencialmente o mesmo para todos os organismos. A partir disso, pode-se supor logicamente qual das seguintes opções?

A) Um gene de um organismo pode teoricamente ser expresso por qualquer outro organismo.

B) O DNA foi o primeiro material genético.

C) Os mesmos códons em diferentes organismos se traduzem em diferentes aminoácidos.

D) Diferentes organismos têm diferentes tipos de aminoácidos.

A) Um gene de um organismo pode teoricamente ser expresso por qualquer outro organismo.

A figura acima mostra uma via metabólica simples. De acordo com a hipótese de Beadle e Tatum, quantos genes são necessários para essa via?

D) Não pode ser determinado a partir do caminho.

Consulte a via metabólica ilustrada acima. Se A, B e C são todos necessários para o crescimento, uma cepa que é mutante para a enzima A que codifica o gene seria capaz de crescer em meio suplementado com _____.

Consulte a via metabólica ilustrada acima. Se A, B e C forem todos necessários para o crescimento, uma cepa mutante para a enzima B que codifica o gene seria capaz de crescer em meio suplementado com _____.

Uma possível sequência de nucleotídeos na fita molde de DNA que codificaria para a sequência polipeptídica phe-leu-ile-val seria _____.

Qual sequência de aminoácidos será gerada, com base na seguinte sequência de códons do mRNA?

Consulte a figura acima. Qual seria o anticódon para um tRNA que transporta fenilalanina para um ribossomo?

Qual das alternativas a seguir contradiz a hipótese de um gene, uma enzima?

A) Uma mutação em um único gene pode resultar em uma proteína defeituosa.

B) A alcaptonúria ocorre quando os indivíduos carecem de uma única enzima envolvida na catálise do ácido homogentísico.

C) A anemia falciforme resulta em hemoglobina defeituosa.

D) Um único gene de anticorpo pode codificar para diferentes proteínas relacionadas, dependendo do splicing que ocorre após a transcrição.

D) Um único gene de anticorpo pode codificar para diferentes proteínas relacionadas, dependendo do splicing que ocorre após a transcrição.

Qual das opções a seguir está diretamente relacionada a um único aminoácido?

A) a sequência de base do tRNA

B) a aminoacetil tRNA sintase

C) a sequência de três bases do mRNA

D) a complementaridade de DNA e RNA

C) a sequência de três bases do mRNA

No processo de transcrição, _____.

C) as proteínas são sintetizadas

D) o mRNA se liga aos ribossomos

Os códons são parte da estrutura molecular de _____.

O que significa quando dizemos que o código genético é redundante?

A) Um único códon pode especificar a adição de mais de um aminoácido.

B) O código genético é diferente para diferentes domínios de organismos.

C) O código genético é universal (o mesmo para todos os organismos).

D) Mais de um códon pode especificar a adição do mesmo aminoácido.

D) Mais de um códon pode especificar a adição do mesmo aminoácido.

Depois que os pesquisadores identificaram o DNA como a unidade de herança, eles perguntaram como as informações eram transferidas do DNA do núcleo para o local da síntese protéica no citoplasma. Qual é o mecanismo de transferência de informações em eucarotes?

A) O DNA de um único gene é replicado e transferido para o citoplasma, onde serve como molde para a síntese de proteínas.

B) O RNA mensageiro é transcrito de um único gene e transfere informações do DNA do núcleo para o citoplasma, onde ocorre a síntese protéica.

C) As proteínas transferem informações do núcleo para o ribossomo, onde ocorre a síntese protéica.

D) O RNA de transferência leva informações do DNA diretamente para um ribossomo, onde ocorre a síntese de proteínas.

B) O RNA mensageiro é transcrito de um único gene e transfere informações do DNA do núcleo para o citoplasma, onde ocorre a síntese protéica.

De acordo com o dogma central, qual molécula deve entrar no espaço em branco?

Os códons são sequências de três bases que especificam a adição de um único aminoácido. Como os códons eucarióticos e os códons procarióticos se comparam?

A) Os códons procarióticos geralmente contêm bases diferentes das dos eucariotos.

B) Os códons procarióticos geralmente especificam aminoácidos diferentes daqueles dos eucariotos.

C) A tradução de códons é mediada por tRNAs em eucariotos, mas a tradução não requer moléculas intermediárias como tRNAs em procariotos.

D) Os códons são uma linguagem quase universal entre todos os organismos.

D) Os códons são uma linguagem quase universal entre todos os organismos.

Qual das alternativas a seguir ocorre em procariotos, mas não em eucariotos?

A) splicing pós-transcricional

B) transcrição e tradução simultâneas

C) tradução na ausência de um ribossomo

B) transcrição e tradução simultâneas

Qual das afirmações a seguir descreve melhor o término da transcrição em procariotos?

A) A RNA polimerase se transcreve através do sinal de poliadenilação, fazendo com que as proteínas se associem ao transcrito e o eliminem da polimerase.

B) A RNA polimerase transcreve através da sequência terminadora, fazendo com que a polimerase se separe do DNA e libere o transcrito.

C) Uma vez iniciada a transcrição, a RNA polimerase se transcreve até chegar ao final do cromossomo.

D) A RNA polimerase se transcreve por meio de um códon de parada, fazendo com que a polimerase pare de avançar através do gene e libere o mRNA.

B) A RNA polimerase transcreve através da sequência terminadora, fazendo com que a polimerase se separe do DNA e libere o transcrito.

Em eucariotos, existem vários tipos diferentes de RNA polimerase. Qual tipo está envolvido na transcrição de mRNA para uma proteína globina?


Término de transcrições RNAPII curtas

SnRNAs spliceossômicos

Os snRNAs spliceosomais transcritos por RNAPII de mamíferos (U1, U2, U4 e U5) são RNAs não codificadores sem íntron e não poliadenilados. A formação de suas extremidades 3 'depende de promotores de snRNA específicos, mas não requer um sítio poli (A) ou HDE, como mRNAs de histona, mas sim um elemento de caixa 3' localizado 9-19 nt a jusante da extremidade 3 'madura de snRNAs (de Vegvar et al. 1986 Hernandez e Weiner 1986). A caixa 3 'é importante para a transcrição adequada de snRNAs e mostrou-se necessária para o processamento da extremidade 3' de snRNAs U1 e U2 (Cuello et al. 1999). Após a clivagem endonucleolítica a jusante da caixa 3 ', os snRNAs carregam uma extremidade 3' estendida que é aparada após sua exportação para o citoplasma (para revisão, consulte Egloff et al. 2008).

Como genes que codificam proteínas, o RNAPII CTD é necessário para a transcrição e processamento 3′ de U1 e U2 snRNAs (Uguen e Murphy 2003). O truncamento CTD e os inibidores da quinase CTD afetam o reconhecimento da caixa 3′ de U2, mas não a terminação da transcrição (Medlin et al. 2003 Jacobs et al. 2004). Medlin et al. (2005) mostraram que o P-TEFb e a fosforilação de Ser2 e Ser5 são necessários para o reconhecimento cotranscricional da caixa 3′. Curiosamente, a fosporilação de Ser7 do CTD é necessária para o recrutamento do complexo integrador e, portanto, para a transcrição e processamento de snRNAs (Egloff et al. 2007). O integrador é um grande complexo que contém homólogos de algumas subunidades do CPSF e demonstrou desempenhar um papel na formação da extremidade 3 'do pré-snRNA (Baillat et al. 2005). O homólogo CPSF-73, Int11 / RC-68, interage com o CTD fosforilado em Ser7. A mutação de Ser7 para alanina afeta especificamente o processamento 3 ′ de snRNAs, mas não codifica mRNAs (Chapman et al. 2007 Egloff et al. 2007).

As extremidades 3 'dos ​​snRNAs são geradas por clivagem endonucleolítica, por uma endonuclease contendo um domínio β-lactamase catalítico e um dos polipeptídeos do componente do complexo Integrador, muito provavelmente, Int11 / RC-68 (Baillat et al. 2005 Dominski et al. 2005b). Int11 / RC-68 interage com o homólogo aparente do CPSF-100, Int9 / RC-74, formando um complexo distinto do CPSF, pois não se associam ao CPSF-160 (Dominski et al. 2005b). A depleção de Int11 por siRNA ou inativação de sua atividade catalítica por mutação revelou um defeito no processamento da extremidade 3 'U1 e U2 (Baillat et al. 2005). No entanto, a inativação de Int11 não pareceu interferir no término da transcrição.

Apesar da presença de caixas 3 ', os genes snRNA parecem não usar um processo de terminação comum. Enquanto a transcrição de genes U1 termina próximo à caixa 3 '(Cuello et al. 1999), a transcrição de U2 termina 1 kb de sua extremidade 3' madura (Medlin et al. 2003). Um fator de terminação não identificado ou complexo parece ligar o RNA precursor U1 imediatamente a jusante da caixa 3 'em uma faixa G, logo a montante de um trecho T (Cuello et al. 1999). Quando esta região de ligação do terminador potencial é posicionada a jusante da caixa U2 3 ', ela leva a uma terminação de transcrição eficiente. No entanto, essa sequência não foi identificada em torno da região terminadora natural de U2. Esses experimentos indicam que a terminação da transcrição do snRNA pode envolver fatores e mecanismos específicos do gene, embora os detalhes permaneçam obscuros.

A caixa 3 'pode ser comparada com o sinal de poli (A) em genes que codificam mRNA, uma vez que ambos são necessários para clivagem e terminação eficientes. Ainda não há evidências de uma associação de Xrn2 com genes de snRNAs, mas é concebível que a terminação ocorra por meio da degradação do produto a jusante, pelo menos na terminação U2. A terminação da transcrição do snRNA de levedura envolve a mesma via usada para a terminação do snoRNA, que é discutida a seguir.

Levedura sno / snRNAs

A maioria dos snoRNAs se enquadra em duas classes bem definidas estrutural e funcionalmente. SnoRNAs que transportam os elementos conservados da caixa C e D funcionam principalmente como guias no 2′- específico do localO-metilação de RNAs alvo, enquanto box H / ACA snoRNAs direcionam a pseudouridilação. Embora alguns snoRNAs sejam necessários para o processamento do pré-rRNA, a maioria dos snoRNAs orienta as modificações dos pré-rRNAs (Kiss 2002). Em mamíferos, estes últimos snoRNAs são codificados em íntrons de pré-mRNAs (Richard e Kiss 2006), enquanto os snoRNAs envolvidos no processamento de pré-rRNA em humanos, e a maioria dos RNAs guia expressos em leveduras, são transcritos por RNAPII de seus próprios promotores .

Após a clivagem pela endoribonuclease Rnt1 (levedura RNase III) (Chanfreau et al. 1998) ou liberação de íntrons, as extremidades 3 'dos ​​precursores de snoRNA são amadurecidas por corte exonucleolítico via exossomo. Em alguns casos, os snoRNAs transcritos independentemente não possuem as estruturas em grampo de RNA que são reconhecidas por Rnt1 e podem sofrer clivagem endonucleolítica pela maquinaria de formação da extremidade 3 'do mRNA (Fatica et al. 2000 Morlando et al. 2002). Após a clivagem, a associação cotranscricional de fatores específicos e a formação de sn / snoRNPs protegem a extremidade 3′ madura de sn / snoRNAs de corte exonucleolítico adicional (Morlando et al. 2004 Ballarino et al. 2005 Yang et al. 2005 Houalla et al. 2006 )

Envolvimento de fatores de processamento da extremidade 3 'do mRNA no processamento e terminação do snoRNA de levedura

SnoRNAs e snRNAs não são poliadenilados. No entanto, eles requerem fatores comuns da máquina de clivagem / poliadenilação (Fatica et al. 2000 Morlando et al. 2002) e, portanto, a clivagem deve ser desacoplada da poliadenilação. Os fatores de clivagem são, de fato, necessários para a terminação e processamento corretos de sno / snRNAs (ver Fig. 2 Morlando et al. 2002 Carneiro et al. 2008). Além disso, as mutações em um subcomplexo da maquinaria de clivagem / poliadenilação, o complexo APT (associado a Pta1 [homólogo de symplekin]), levam à transcrição de leitura de certos genes sn / snoRNA (Dheur et al. 2003 Ganem et al. 2003 Nedea et al. 2003 Steinmetz e Brow 2003 Kim et al. 2006 Ghazy et al. 2009). Os fatores APT implicados na terminação sn / snoRNA incluem Pti1, um segundo homólogo de levedura de CstF-64 que também se liga a Rna14 Ref2, que interage com a proteína específica de snoRNP Nop1 (Morlando et al. 2004), a fosfatase CTD Ssu72 (Ganem et al. . 2003 Steinmetz e Brow 2003 Kim et al. 2006) e Swd2, que também é um componente do complexo Set1 (Cheng et al. 2004 Dichtl et al. 2004). A superexpressão de Pti1 inibe a poliadenilação sem afetar a clivagem, sugerindo que Pti1 pode funcionar no desacoplamento da clivagem e poliadenilação durante a formação da extremidade 3 'do snoRNA (Dheur et al. 2003).

Terminação RNAPII de levedura em genes snoRNA. A terminação no terminador I (TI), o principal local de terminação, é dependente da ligação a Nrd1. O complexo Nrd1 interage com o CTD fosforilado em Ser5 e com os complexos TRAMP e exossomo. A maquinaria de clivagem / poliadenilação (CPF e CFIA) não é necessária para a terminação em TI (desenhada como complexos borrados). A terminação no terminador II (TII) envolve fatores de clivagem / poliadenilação, enquanto o complexo Nrd1-TRAMP-exossomo parece inativo nesse processo (complexos borrados). A transcrição de SnoRNA acopla a terminação com vigilância de RNA. Após a liberação do precursor, Trf4 e Pap1 adenilam o pré-snoRNA que será processado pelo exossomo. Outros fatores que mostraram ter um papel na terminação do snoRNA são indicados. Estes incluem Pcf11, Paf1C e as subunidades Rpb3 e Rpb11 de RNAPII.

Mas o papel dos fatores envolvidos no processamento / terminação 3 'dos ​​transcritos pré-mRNA na terminação do snoRNA não está bem definido. Embora os experimentos de ChIP tenham mostrado que Rat1, fatores de clivagem de mRNA incluindo Rna15 e Rna14, bem como subunidades do complexo APT estão presentes em vários genes snoRNA, surpreendentemente nenhum defeito de terminação foi detectado em RAT1 ou RNA14 cepas mutantes (Kim et al. 2006). A terminação normal do snoRNA também ocorreu em cepas sem Rnt1 ou o componente de exossomo nuclear Rrp6 (Kim et al. 2006). Kim et al. (2006) também mostraram que a clivagem pela maquinaria de clivagem / poliadenilação não é necessária para a terminação de snoRNA, como depleção do homólogo de CPSF-73 Ysh1 ou uma mutação de PCF11 o bloqueio da clivagem não afetou a terminação do snoRNA. No entanto, a leitura da transcrição foi observada em cepas que expressam PCF11 mutantes que não são capazes de se ligar ao CTD, e Garas et al. (2008) mostraram que a terminação em genes de snoRNA específicos é defeituosa em um determinado sensor sensível ao frio YSH1 cepa mutante. Curiosamente, como mostrado na terminação do mRNA, Steinmetz et al. (2006a) observaram que a alteração do heterodímero Rpb3 / 11 prejudica a terminação de snoRNAs. Outro ponto comum com a terminação do mRNA é que, além das proteínas envolvidas no processamento da extremidade 3 ', o Paf1C está implicado na terminação do snoRNA. Defeitos em Paf1C levam à transcrição de leitura em terminadores snoRNA (Sheldon et al. 2005). Experimentos de ChIP sugeriram que Paf1C pode facilitar a formação de snoRNAs da extremidade 3 'recrutando Nrd1 (ver abaixo) (ver Fig. 2 Sheldon et al. 2005).

Os resultados acima indicam que os genes do snoRNA parecem usar diferentes vias para terminar a transcrição, pois as mutações ou depleção em fatores envolvidos na terminação do mRNA têm efeitos apenas em um subconjunto de genes do snoRNA. Outras investigações serão necessárias para entender o que está por trás das diferenças entre esses genes.

O complexo Nrd1

Apesar do aparente envolvimento de fatores compartilhados com o processamento da extremidade 3 'do pré-mRNA, a terminação sno / snRNA depende fortemente de um fator específico, o complexo Nrd1. Nrd1 (regulação negativa de pré-mRNA nuclear) é uma proteína de ligação ao RNA nuclear essencial que direciona a terminação de snoRNA e alguns transcritos de mRNA, em associação com uma proteína de interação, a helicase Sen1 (Steinmetz e Brow 1996 Steinmetz et al. 2001 Ursic et al. 2004, Vasiljeva e Buratowski, 2006). Nrd1 contém um CID (Meinhart e Cramer 2004 Meinhart et al. 2005) que interage com CTD fosforilado em Ser5 (Conrad et al. 2000 Gudipati et al. 2008 Vasiljeva et al. 2008a). Nrd1 também interage com outra proteína essencial de ligação ao RNA, Nab3 (Yuryev et al. 1996).

Nrd1, Nab3 e Sen1 formam o complexo Nrd1, que é detectado por ChIP em genes de snoRNAs (Kim et al. 2006), bem como em alguns genes de mRNAs, principalmente em regiões promotoras (Nedea et al. 2003). Mais importante, NRD1 e SEN1 mutações causam fortes defeitos de terminação em alguns snoRNAs (Kim et al. 2006). Nrd1 e Nab3 reconhecem sequências de RNA específicas localizadas a jusante da extremidade 3 'madura de sn / snoRNAs (GUAA / G e UCUU, respectivamente) (Steinmetz e Brow 1996, 1998 Conrad et al. 2000 Steinmetz et al. 2001 Carroll et al. 2004, 2007), e as mutações nesses locais causam defeitos de terminação (Carroll et al. 2004). Vários terminadores snoRNA contêm vários locais de ligação potencial para Ndr1 e Nab3, que formam um heterodímero (Carroll et al. 2007). Nrd1 também pode recrutar o complexo exossomo, acoplando a via de terminação Nrd1 ao corte dependente de exossomo ou degradação de transcritos (Fig. 2 Vasiljeva e Buratowski 2006).

Análise de todo o genoma da distribuição de RNAPII em um SEN1 cepa mutante confirmou o envolvimento de Sen1 na terminação da transcrição de snoRNAs (Ursic et al. 1997 Rasmussen e Culbertson 1998) e outras transcrições curtas (Steinmetz et al. 2006b). A análise de ChIP mostrou RNAPII read-through na maioria dos genes snoRNAs em um SEN1 cepa mutante ou uma cepa defeituosa para sua atividade helicase (Kim et al. 2006 Steinmetz et al. 2006b). Sen1 se associa com o CTD e também coprecipita com vários snoRNAs e alguns snRNAs (Yuryev et al. 1996 Ursic et al. 1997, 2004). Nedea et al. (2008) mostraram que Glc7, a subunidade catalítica de levedura PP1 (proteína fofatase-1), também é um regulador da terminação de snoRNA, interagindo diretamente com Sen1. A purificação de Sen1 marcado com TAP identificou Glc7, Nab3, Nrd1 e todas as proteínas do núcleo snoRNP como proteínas associadas a Sen1 (Nedea et al. 2008). Eles propõem que Sen1 – Glc7 – Nab3 – Nrd1 forme um complexo estável no qual Sen1 interage diretamente com Nab3 e Glc7, que demonstrou desfosforilar Sen1 in vitro. Glc7 (He and Moore 2005) e PP1 em mamíferos (Shi et al. 2009) são conhecidos por funcionar na formação da extremidade 3 'do mRNA, e será de interesse elucidar os papéis precisos da desfosforilação em todos esses processos.

Alguns terminadores snoRNA parecem ser bipartidos, com um terminador principal (terminador I) dependente da ligação de Nrd1 e um segundo terminador a jusante (terminador II) contendo características semelhantes aos sinais de clivagem e poliadenilação (Fig. 2 Fatica et al. 2000 Morlando et al. 2002 Steinmetz e Brow 2003 Steinmetz et al. 2006a). Ambos os terminadores são necessários para uma terminação eficiente. Curiosamente, um terminador snoRNA pode levar à poliadenilação quando colocado na região 3 'não traduzida (UTR) de um gene codificador de proteína, a montante do sítio poli (A) natural (Steinmetz et al. 2006a). Esses dados sugerem que, dependendo do contexto do gene, os terminadores snoRNA possuem o potencial de poliadenilação direta. De fato, dados anteriores relataram poliadenilação de alguns precursores sn / snoRNAs em uma cepa de levedura com defeito no exossomo (van Hoof et al. 2000 Egecioglu et al. 2006). Assim, uma cepa excluída por RRP6 mostraram que uma a quatro adeninas estão presentes na extremidade 3 'dos ​​precursores de snoRNA C / D-box que foram processados ​​de forma incompleta (Grzechnik e Kufel 2008). Trf4 / 5 (PAPs do complexo TRAMP) adiciona adeninas no terminador I, enquanto a poli (A) polimerase canônica, Pap1, poliadenila precursores de snoRNA em ambos os terminadores. Leitura de SnoRNA e defeitos no recrutamento de Nrd1 no terminador I em uma cepa defeituosa de TRAMP indicam que o complexo TRAMP é importante para a associação apropriada de Nrd1 com genes de snoRNA e, portanto, para a terminação. Grzechnik e Kufel (2008) concluíram que a poliadenilação por Trf4 e Pap1 é um mecanismo normal ligado à terminação de snoRNA que estimula a formação da extremidade 3 'pelo exossomo (Fig. 2).

A regulação da terminação da transcrição de snRNAs e snoRNAs envolve um grande número de fatores, implicados em cada etapa da transcrição. Muitos fatores são compartilhados entre as vias de terminação do mRNA e do snoRNA, e uma rede regulatória rígida é necessária para discriminar de forma correta e eficiente entre os dois. Uma característica importante da terminação parece ser a distância percorrida pelo RNAPII quando atinge o terminador. O complexo Nrd1 está implicado na transcrição de transcrições curtas (Steinmetz et al. 2006b). Conforme explicado abaixo, este regulamento reflete os diferentes estágios de fosforilação de CTD. Por outro lado, a poliadenilação potencial de snoRNAs adiciona outro grau de complexidade na possível ligação da vigilância, processamento e terminação de RNA, e precisará ser mais explorada.

Um papel mais amplo para o complexo Nrd1 na expressão gênica

Dados recentes indicam que a função do complexo Nrd1 não está restrita à formação e terminação da extremidade 3 'do snoRNA. O complexo Nrd1 tem funções mais amplas na expressão gênica, especialmente na síntese / processamento de CUTs. CUTs são RNAs não codificadores curtos (300-600 nt) que foram detectados pela primeira vez por análise de microarray de todo o genoma em cepas de leveduras defeituosas para degradação nuclear de RNA (Kapranov et al. 2005 Wyers et al. 2005 David et al. 2006 Davis e Ares 2006) . Em cepas com defeito para a proteína do exossomo nuclear Rrp6, CUTs com uma extremidade 5 'definida e extremidades 3' heterogêneas se acumulam. Estima-se que essas transcrições se originem de 10% das regiões intergênicas de leveduras (Wyers et al. 2005, embora veja Neil et al. 2009 e Xu et al. 2009). Após a terminação dependente de Nrd1 por RNAPII, os CUTs são rapidamente poliadenilados pelo complexo TRAMP e, em seguida, degradados pelo exossomo nuclear (Wyers et al. 2005 Arigo et al. 2006b Houalla et al. 2006 Thiebaut et al. 2006). Recentemente, Gudipati et al. (2008) mostraram que a terminação dependente de Nrd1 de CUTs é inibida pela fosforilação de CTD em Ser2 e promovida pela fosforilação de Ser5. Eles também mostraram que a ligação de Nrd1 ao transcrito nascente, mesmo que não suficiente, é necessária para uma terminação eficiente. Assim, Vasiljeva et al. (2008a) mostraram que Nrd1 possui alta afinidade para o CTD fosforilado em Ser5 e Ser5 / Ser2. Além disso, a associação de Nrd1 com um gene snoRNA ou mRNA não é afetada pela inibição da fosforilação de Ser2.

Os estudos de Gudipati et al. (2008) e Vasiljeva et al. (2008a) fornecem uma explicação de por que a terminação depende da distância percorrida por RNAPII, e como RNAPII escolhe entre a clivagem 3 'e a via de poliadenilação para a terminação de mRNA e o complexo Nrd1 para RNAs não codificantes, ORFs curtos e terminação CUT. Transcrições curtas são principalmente associadas à fosforilação Ser5, que recruta o complexo Nrd1. Em contraste, transcritos mais longos (a maioria dos mRNAs) serão amplamente associados à fosforilação de Ser2 na extremidade 3 'do gene, que recruta Pcf11 e Rtt103, facilitando a função Rat1 (Rondon et al. 2008). Estudos adicionais serão necessários para entender como a via do fator de clivagem / poliadenilação é regulada no terminador II dos genes snoRNA. Mesmo quando este terminador está a uma distância maior do promotor, essa distância é geralmente & lt100 bp do terminador I.

Alguns CUTs desempenham uma função reguladora controlando a atividade do gene adjacente (Martens et al. 2004 Steinmetz et al. 2006b). Por exemplo, a região regulatória do SER3 gene produz um CUT que reprime a transcrição de SER3 (Martens et al. 2004). A terminação dependente do complexo Nrd1 foi mostrada para reconhecer terminadores reguladores chamados "atenuadores" localizados na 5′-UTR de três genes codificadores de proteínas caracterizados -NRD1, HRP1 (ou NAB4), e IMD2 (Steinmetz et al. 2001, 2006b Arigo et al. 2006a Kuehner e Brow 2008). A terminação dos RNAs não codificantes iniciada a montante do local de início do mRNA dos genes codificadores de proteínas regula sua expressão. Por exemplo, a ligação de Nrd1 e Nab3 à 5′-UTR e região de codificação a montante de NRD1 direciona a interrupção prematura, resultando em autorregulação negativa dos níveis de Nrd1 (Steinmetz et al. 2001 Arigo et al. 2006a). Da mesma forma, a rescisão dos CUTs iniciados a montante do IMD2 O local de início do mRNA regula IMD2 Expressão de mRNA (Jenks et al. 2008 Kuehner e Brow 2008 Thiebaut et al. 2008). Todos os três atenuadores são sensíveis a mutações em SEN1 e RPB11, consistente com estudos anteriores que mostram a importância do heterodímero Rpb3 / 11 na terminação (Steinmetz et al. 2006a).

O complexo Nrd1-TRAMP / exossomo parece ter um amplo papel na expressão gênica. CUTs fornecem um exemplo de RNAs controlados pelo complexo Nrd1 que parecem importantes para a regulação da expressão de mRNA. Apesar da existência de homólogos humanos de exossomos e subunidades TRAMP, ainda há apenas evidências limitadas para essa qualidade de RNA e via de controle de expressão gênica em humanos (Houseley et al. 2006 Kapranov et al. 2007 Vanacova e Stefl 2007). No entanto, West et al. (2006a) mostrou que os 5 ′ produtos de β-globina a transcrição resultante da clivagem no CoTC frequentemente contém uma cauda A curta e se acumula após a depleção mediada por siRNA do homólogo humano Rrp6. Mas, mais importante, novos RNAs não codificantes com função desconhecida foram detectados recentemente no genoma humano (Kapranov et al. 2007). Mais estudos serão necessários para elucidar o papel desses RNAs e revelar se eles funcionam ou não na expressão gênica.


Como os eucariotos encerram a transcrição? (esclarecimento sobre Campbell Biology) - Biologia

Qual é a função da DNA polimerase III?

Para adicionar nucleotídeos ao final de uma fita de DNA em crescimento.

Existem 61 códons de mRNA que especificam um aminoácido, mas apenas 45 tRNAs. Isso é melhor explicado pelo fato de que

A) alguns tRNAs têm anticódons que reconhecem quatro ou mais códons diferentes.

B) as regras para o emparelhamento de bases entre a terceira base de um códon e o tRNA são flexíveis.
C) muitos códons nunca são usados, então os tRNAs que os reconhecem são dispensáveis.

D) o DNA codifica todos os 61 tRNAs, mas alguns são destruídos.

E) a exclusão competitiva força alguns tRNAs a serem destruídos por nucleases.

Se uma célula fosse incapaz de produzir proteínas histonas, qual das alternativas a seguir seria um efeito provável?
A) Haveria um aumento na quantidade de DNA de "quotsatélite" produzido durante a centrifugação.
B) O DNA da célula não pôde ser compactado em seu núcleo.
C) As fibras do fuso não se formariam durante a prófase.
D) A amplificação de outros genes compensaria a falta de histonas.
E) Os pseudogenes seriam transcritos para compensar a diminuição da proteína na célula.

Qual enzima catalisa o alongamento de uma fita de DNA na direção 5 'e rarr 3'?

splicing do anel, qual componente molecular do spliceosome catalisa a excisão?

O que você esperaria de uma célula eucariótica sem telomerase?
A) uma alta probabilidade de se tornar canceroso
B) produção de fragmentos de Okazaki
C) incapacidade de reparar dímeros de timina
D) uma redução no comprimento do cromossomo
E) alta sensibilidade à luz solar

Como descrevemos a transformação em bactérias?

A infecção de células por uma molécula de DNA de fago.

Uma mutação de frameshift pode resultar de
A) apenas uma inserção de base.
B) apenas uma exclusão de base.
C) apenas uma substituição de base.
D) exclusão de três bases consecutivas.
E) uma inserção ou exclusão de uma base

Para um projeto de feira de ciências, dois alunos decidiram repetir o experimento Hershey e Chase, com modificações. Eles decidiram rotular o nitrogênio do DNA, em vez do fosfato. Eles raciocinaram que cada nucleotídeo tem apenas um fosfato e dois a cinco nitrogênios. Assim, rotular os nitrogênios forneceria um sinal mais forte do que rotular os fosfatos. Por que este experimento não funciona?

Aminoácidos (e, portanto, proteínas) também têm átomos de nitrogênio, portanto, a radioatividade não faria distinção entre DNA e proteínas.

As vertentes principal e posterior diferem no sentido de

a fita principal é sintetizada na mesma direção que o movimento da bifurcação de replicação, e a fita posterior é sintetizada na direção oposta

A citosina constitui 42% dos nucleotídeos em uma amostra de DNA de um organismo. Aproximadamente que porcentagem dos nucleotídeos nesta amostra será timina?

Qual dos seguintes conjuntos de materiais são exigidos por eucariotos e procariontes para replicação?
A) DNA de fita dupla, 4 tipos de dNTPs, primers, origens
B) topoisomerases, telomerase, polimerases
C) regiões ricas em G-C, polimerases, cortes cromossômicos
D) afrouxamento do nucleossomo, 4 dNTPs, 4 rNTPs
E) ligase, primers, nucleases

Em uma situação experimental, um estudante pesquisador insere uma molécula de mRNA em uma célula eucariótica após ter removido sua capa 5 'e cauda poli (A). Qual das seguintes opções você espera que ele encontre?
A) O mRNA não conseguiu sair do núcleo para ser traduzido.
B) A célula reconhece a ausência da cauda e poliadenila o mRNA.
C) A molécula é digerida por enzimas de restrição no núcleo.
D) A molécula é digerida por exonucleases uma vez que não está mais protegida na extremidade 5 '.
E) A molécula se liga a um ribossomo e é traduzida, mas mais lentamente.

Qual é a função de um fator de liberação (RF)?

Um fator de liberação é uma proteína que permite a terminação da tradução através do reconhecimento do códon de terminação ou códon de parada em uma sequência de mRNA.

A base nitrogenada adenina é encontrada em todos os membros de qual grupo?
A) proteínas, triglicerídeos e testosterona
B) proteínas, ATP e DNA
C) ATP, RNA e DNA
D) alfa glicose, ATP e DNA
E) proteínas, carboidratos e ATP

Tornou-se aparente para Watson e Crick após a conclusão de seu modelo que a molécula de DNA poderia carregar uma grande quantidade de informações hereditárias em qual das seguintes?
A) sequência de bases
B) esqueletos de fosfato-açúcar
C) emparelhamento complementar de bases
D) grupos laterais de bases nitrogenadas
E) diferentes açúcares de cinco carbonos

Qual das alternativas a seguir ajuda a manter as fitas de DNA separadas enquanto estão sendo replicadas?


Mecanismos de iniciação da transcrição anti-sentido a partir do 3 ° final do GAL10 Sequência de Codificação Na Vivo

Fig 1 Análise da associação de RNA polimerase II com o local de início antisense na extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação. (A) Um diagrama esquemático mostrando as localizações dos pares de primers (regiões A, B e C) no GAL1, GAL10, e GAL7 loci para a análise ChIP. As regiões A, B e C estão localizadas no GAL7 promotor principal, a extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação e a sequência de ativação a montante (UAS) no GAL10-GAL1 promotor bidirecional, respectivamente. Os números são apresentados em relação à posição do códon de parada da tradução de GAL10. (B) RNA polimerase II está associada com a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação (região B) em meio de crescimento contendo dextrose. Uma cepa de levedura que expressa a maior subunidade marcada com epítopo Myc (Rpb1p) de RNA polimerase II foi cultivada em meio YPD para um OD600 de 1,0 a 30 ° C antes da base de formaldeído na Vivo reticulação. O ensaio ChIP foi realizado conforme descrito em Materiais e Métodos. A imunoprecipitação foi realizada usando um anticorpo anti-Myc (9E10 Santa Cruz Biotechnology, Inc.) contra Rpb1p marcada com Myc. O DNA imunoprecipitado foi analisado por PCR usando os pares de iniciadores que abrangem as regiões A, B e C conforme descrito para o painel A. A proporção do imunoprecipitado sobre a entrada no autorradiograma (denominado um sinal ChIP) foi medida. O sinal ChIP máximo foi definido como 100 e outros sinais ChIP foram normalizados em relação a 100 (representado como ocupação normalizada ou relativa). A ocupação normalizada foi plotada na forma de um histograma. (C) Autorradiogramas para os dados ChIP apresentados no painel B. IP, imunoprecipitação. (D) Análise de RNA polimerase II na extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação (região B), GAL7 promotor de núcleo (região A), e GAL1-GAL10 UAS (região C) junto com anti-HA como um anticorpo não específico em meio de crescimento contendo dextrose. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada em meio YPG para um OD600 de 0,8 a 30 ° C e, em seguida, transferido para meio YPD por 3 h antes da reticulação. (E) A razão do sinal ChIP de Rpb1p marcado com Myc para anti-HA (isto é, aumento de dobra do sinal Rpb1p-Myc ChIP em relação ao HA) no painel D é representado graficamente na forma de um histograma. Uma proporção de 1 indica que não há associação de RNA polimerase II. (F) Análise de associação de RNA polimerase II com o gene de RNA polimerase I (Pol I) em relação ao anti-HA em meio de crescimento contendo dextrose. A razão do sinal ChIP de Rpb1p marcado com Myc para anti-HA foi traçada na forma de um histograma. (G) A análise ChIP da associação de RNA polimerase II na extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação (região B) na cepa de levedura que expressa Rpb1p com ou sem um marcador de epítopo Myc. As cepas de levedura foram cultivadas como descrito para o painel D. A imunoprecipitação foi realizada usando um anticorpo anti-Myc. Fig 2 Análise de GAL10 transcrição antisense. (A) Diagrama esquemático mostrando a estratégia experimental para a análise de GAL10 transcrição antisense. O primer P1 direcionado para a extremidade 5 ′ do GAL10 a transcrição antisense foi estendida pela transcrição reversa baseada na transcriptase reversa AMV a 42 ° C e, subsequentemente, o primer estendido foi amplificado por pares de primers direcionados às regiões de codificação, M e N, de GAL10 e GAL7, respectivamente. (B) GAL10 transcrição antisense em meio de crescimento contendo dextrose. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada em meio YPG para um OD600 de 0,8 a 30 ° C e, em seguida, mudou para meio YPD por 3 h. O RNA total foi isolado e analisado seguindo a estratégia experimental, conforme descrito no painel A. O par de primer direcionado para o GAL10 a sequência de codificação (região M) gerou o produto de PCR a partir do cDNA sintetizado pelo iniciador P1. A transcriptase reversa não foi usada na síntese de cDNA na via −RTase. (C) Amplificação de DNA genômico usando pares de iniciadores de PCR direcionados ao GAL7, GAL10, e GAL1 sequências de codificação. Os mesmos pares de iniciadores foram usados ​​como nos painéis A e B. (D) análise de RT-PCR em meio de crescimento contendo dextrose, conforme descrito no painel B. (E) Análise de RT-PCR em meio de crescimento contendo dextrose, conforme descrito no painel B usando o primer oligo (dT). Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada em meio YPG para um OD600 de 0,8 a 30 ° C e depois transferido para meio YPG ou YPD por 3 h. Gal, galactose Dex, dextrose. (F) Análise de RT-PCR conforme descrito no painel B em meio de crescimento contendo dextrose e galactose, usando o iniciador P1 na síntese de cDNA. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada como descrito no painel E. (G) Análise de RT-PCR como descrito no painel B em meio de crescimento contendo galactose. Fig 3 Análise cinética da associação de RNA polimerase II com a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação. (A) Análise cinética da associação de RNA polimerase II com a extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação após a troca do meio de crescimento de YPG para YPD. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada em meio YPG para um OD600 de 0,8 a 30 ° C e, em seguida, transferido para meio YPD por diferentes períodos de tempo antes da reticulação. A imunoprecipitação foi realizada conforme descrito na legenda da Fig. 1B. O sinal ChIP em 0 min foi definido como 100 e os sinais ChIP em outros pontos de tempo foram normalizados em relação a 100. A ocupação normalizada (ou relativa) de Rpb1p foi traçada na forma de um histograma. (B) Autorradiogramas para os dados ChIP no painel A. (C) Associação de RNA polimerase II com a extremidade 3 'do GAL10 A sequência de codificação em meio YPD (de 3 a 180 min) descrita no painel A foi apresentada separadamente. O sinal ChIP máximo no meio YPD foi definido como 100, e outros sinais ChIP foram normalizados em relação a 100. Em um experimento, o ponto de tempo de 60 min mostra um sinal de ChIP ligeiramente mais alto do que o ponto de tempo de 180 min e, portanto, foi definido como 100. Em outros experimentos, o ponto de tempo de 180 min mostra um sinal ChIP ligeiramente mais alto do que o ponto de tempo de 60 min e foi definido como 100. A ocupação normalizada (ou relativa) de Rpb1p foi traçada na forma de um histograma. (D) Análise de RT-PCR. Geração de GAL10 RNA antisense após a troca do meio de crescimento de YPG para YPD. Uma cepa de levedura foi cultivada conforme descrito na legenda do painel A. GAL10 o RNA antisense foi analisado usando o iniciador P2 na síntese de cDNA e o par de iniciadores direcionados ao GAL10 promotor do núcleo na amplificação por PCR de cDNA (conforme descrito esquematicamente na Fig. 4A). Os níveis de ATO 1 as transcrições foram monitoradas como controles. (E) Os resultados mostrados no painel D foram plotados na forma de um histograma. Sinal máximo de GAL10 a transcrição antisense foi definida como 100, e os níveis de GAL10 as transcrições antisense em outros pontos de tempo foram normalizadas em relação a 100. Da mesma forma, o máximo ATO 1 nível de transcrição foi definido como 100, e os níveis de ATO 1 as transcrições em outros momentos foram normalizadas em relação a 100. Fig 4 RNA polimerase II é essencial para GAL10 transcrição antisense. (A) Diagrama esquemático mostrando a estratégia experimental para a análise de GAL10 transcrição antisense usando o primer P2. O primer P2 direcionado para a extremidade 5 ′ do GAL10 transcrito antisense, mas abrangendo uma região correspondente ao GAL10-GAL1 promotor bidirecional, foi estendido por transcrição reversa a 42 ° C e, subsequentemente, o iniciador estendido foi amplificado por pares de iniciadores direcionados para a região do promotor do núcleo de GAL10 (região L) e a região da sequência de codificação de GAL7 (região N). (B) GAL10 transcrição antisense em meio de crescimento contendo dextrose. O par de primer direcionado para o GAL10 região promotora do núcleo (região L), mas não o GAL7 a sequência de codificação (região N) gerou produto de PCR a partir de cDNA sintetizado pelo iniciador P2 em meio de crescimento contendo dextrose. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada como descrito na legenda da Fig. 2E. (C) Amplificação de cDNAs mostrados no painel B usando um par de iniciadores de PCR direcionado para o ATO 1 sequências de codificação. (D) Análise de RNA polimerase II na extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação (região B) (Fig. 1A), GAL7 promotor de núcleo (região A) (Fig. 1A), e GAL10-GAL1 UAS (região C) (Fig. 1A) juntamente com anti-HA como um controle de anticorpo não específico em meios de crescimento contendo dextrose e galactose. Uma cepa de levedura que expressa Rpb1p marcada com Myc foi cultivada como descrito na legenda da Fig. 2E antes da reticulação. As imunoprecipitações foram realizadas conforme descrito na legenda da Fig. 1B. (E) A razão entre o sinal ChIP de Rpb1p marcado com Myc e o de anti-HA (isto é, aumento do dobro do sinal de Rpb1p-myc ChIP em relação ao HA) na região B no painel D é representado graficamente na forma de um histograma. Uma proporção de 1 indica que não há associação de RNA polimerase II. (F) RNA polimerase II é essencial para GAL10 transcrição antisense em meio de crescimento contendo dextrose. As cepas de tipo selvagem (WT) e mutante TS de Rpb1p foram cultivadas em meio YPD a 23 ° C até uma DO600 de 0,85 e, em seguida, mudou para 37 ° C por 1 h antes da colheita. O RNA total foi preparado a partir das cepas mutantes de tipo selvagem e TS de Rpb1p e, em seguida, analisado para GAL10 RNA antisense usando o primer P1 na síntese de cDNA. (G) Os dados de transcrição mostrados no painel F foram plotados na forma de um histograma. O nível de RNA na cepa de tipo selvagem foi estabelecido em 100, e o nível de RNA na cepa mutante foi normalizado em relação a 100.

O sítio de ligação de Reb1p na extremidade 3 'da sequência de codificação GAL10 facilita o direcionamento da RNA polimerase II para a transcrição antisense.

Fig. 5 O sítio de ligação de Reb1p é essencial para o recrutamento de RNA polimerase II na extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação em meio de crescimento contendo dextrose para GAL10 transcrição antisense. (A) Diagrama esquemático mostrando o local de ligação de Reb1p, TATA box e local de iniciação da transcrição antisense na extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação. Os números são apresentados em relação à posição do códon de parada da tradução de GAL10. (B) Análise de recrutamento de RNA polimerase II antisense para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação na cepa de tipo selvagem (WT) e mutantes portadores de mutações no sítio de ligação de Reb1p (Reb1p-BSΔ). Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas conforme descrito na legenda da Fig. 1B. A imunoprecipitação foi realizada usando o anticorpo 8WG16 (Covance, Inc.) contra o domínio carboxi-terminal da maior subunidade (Rpb1p) da RNA polimerase II. O DNA imunoprecipitado foi analisado por PCR usando um par de iniciadores direcionados para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação (região B) (Fig. 1A). O sinal ChIP da cepa de tipo selvagem foi definido para 100, e o sinal ChIP da cepa mutante foi normalizado em relação a 100 (representado como ocupação normalizada ou relativa). (C) Os autorradiogramas para os dados ChIP apresentados no painel B. (D) Análise de GAL10 transcrição antisense nas cepas de tipo selvagem e Reb1p-BSΔ em meio de crescimento contendo dextrose usando o primer P1 na síntese de cDNA. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas conforme descrito no painel B. (E) Os dados de transcrição nos painéis D e F foram representados na forma de um histograma. O sinal de PCR de GAL10 o transcrito antisense na cepa de tipo selvagem foi definido como 100, e o nível de GAL10 o transcrito antisense na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, o ATO 1 nível de transcrição foi definido como 100 na cepa de tipo selvagem, e o nível de ATO 1 transcrito na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. (F) Análise de GAL10 transcrição antisense no tipo selvagem e Δgal4 cepas em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas conforme descrito no painel B. (G) Análise de GAL10 transcrição antisense em meio de crescimento contendo dextrose na cepa de levedura que não tem GAL1-GAL10 promotor. Uma cepa de levedura sem um GAL1-GAL10 promotor foi cultivado conforme descrito no painel B. (H) O GAL10 A extremidade 3 'sozinha não pode conduzir a transcrição de um plasmídeo repórter. Os diagramas esquemáticos (à esquerda) mostram o plasmídeo repórter LacZ (pRS416) com RPS5 promotor ou GAL10 3 ′ final. Os números acima RPS5 promotor (sentido) são apresentados em relação ao primeiro nucleotídeo do local de início da transcrição de RPS5. Os números acima GAL10 Extremidade 3 'são apresentados em relação ao último nucleotídeo do códon de parada da tradução de GAL10. A região R na sequência de codificação LacZ foi amplificada usando cDNA gerado por oligo (dT). Análise da transcrição LacZ sob o RPS5 promotor ou GAL10 A extremidade 3 'foi realizada (direita). Os construtos acima foram transformados em células de levedura de tipo selvagem e, em seguida, cultivados em meio contendo dextrose para um OD600 de 1,0 a 30 ° C antes da colheita para análise de RNA. As regiões de codificação de ATO 1 e GAL7 foram amplificados como controles de carga e sem contaminação de DNA, respectivamente, usando cDNA gerado por oligo (dT).

TBP promove o recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação para a transcrição antisense.

A Fig 6 TBP é necessária para o recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação em meio de crescimento contendo dextrose para GAL10 transcrição antisense. (A) Análise de recrutamento de RNA polimerase II antisense para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação nas cepas de tipo selvagem e mutantes de TBP (SPT15-WT e spt15-ts) em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas em meio YPD a 23 ° C para um OD600 de 0,85 e depois transferido para 37 ° C durante 1 h antes da reticulação. A imunoprecipitação foi realizada conforme descrito na legenda da Fig. 5B. (B) Autorradiogramas para os dados ChIP mostrados no painel A. (C) Análise de GAL10 transcrição antisense no tipo selvagem e spt15-ts cepas mutantes em meio de crescimento contendo dextrose usando o iniciador P1 na síntese de cDNA. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas conforme descrito no painel A. (D) Os dados de transcrição no painel C foram representados na forma de um histograma. O sinal de PCR de GAL10 o transcrito antisense na cepa de tipo selvagem foi definido como 100, e o nível de GAL10 o transcrito antisense na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, o ATO 1 nível de transcrição foi definido como 100 na cepa de tipo selvagem, e o nível de ATO 1 transcrito na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. (E) Análise de GAL10 transcrição antisense no tipo selvagem e rpt4-ts cepas mutantes em meio de crescimento contendo dextrose usando o iniciador P1 na síntese de cDNA. As cepas de levedura foram cultivadas conforme descrito no painel A. (F) Análise de GAL10 transcrição antisense na presença e ausência de MG132 em meio de crescimento contendo dextrose usando o primer P1 na síntese de cDNA. Células de levedura carregando mutação nula de PDR5 foram cultivadas em meio YPD a 30 ° C para um OD600 de 0,7 e, em seguida, tratado com MG132 (75 μM) por 2 h antes da colheita. (G) O GAL10 os dados de transcrição antisense mostrados nos painéis E e F foram traçados na forma de um histograma. O sinal de PCR de GAL10 o transcrito antisense na cepa de tipo selvagem foi definido como 100, e o nível de GAL10 o transcrito antisense na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, o ATO 1 nível de transcrição foi definido como 100 na cepa de tipo selvagem, e o nível de ATO 1 o transcrito na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, os sinais de PCR foram normalizados na presença de MG132 em relação à ausência de MG132.

Os TAFs facilitam o direcionamento da RNA polimerase II para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação para a transcrição antisense.

Fig 7 Análise de recrutamento de RNA polimerase II antisense para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação nas cepas de tipo selvagem e mutantes de TAF11p e TAF13p em meio de crescimento contendo dextrose para transcrição antisense. (A) TAF13p é necessário para o recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 ′ do GAL10 sequência de codificação em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas, reticuladas e imunoprecipitadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (B) Autorradiogramas para os dados ChIP mostrados no painel A. (C) TAF11p é necessário para o recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas, reticuladas e imunoprecipitadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (D) Autorradiogramas para os dados ChIP mostrados no painel C. (E) Análise RT-PCR de GAL10 transcrição antisense no taf11-ts e taf13-ts cepas mutantes e seus equivalentes de tipo selvagem em meio de crescimento contendo dextrose, conforme descrito na legenda da Fig. 2B. As células de levedura foram cultivadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (F) Os dados do painel E foram plotados na forma de um histograma. O sinal de PCR de GAL10 o transcrito antisense na cepa de tipo selvagem foi definido como 100, e o nível de GAL10 o transcrito antisense na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, o ADH1 nível de transcrição foi definido como 100 na cepa de tipo selvagem, e o nível de ADH1 o transcrito na cepa mutante foi normalizado em relação a 100.

O TFIIB e o mediador facilitam o direcionamento da RNA polimerase II para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação para a transcrição antisense.

A Fig. 8 TFIIB e o mediador são necessários para o recrutamento da RNA polimerase II antisense para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação. (A) Análise de recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação nas cepas de tipo selvagem e mutantes de TFIIB (SUA7-WT e sua7-ts) em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas, reticuladas e imunoprecipitadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (B) Os autorradiogramas para os dados ChIP mostrados no painel A. (C) Análise RT-PCR de GAL10 RNA antisense no SUA7 cepas de tipo selvagem e mutantes de TS em meio de crescimento contendo dextrose, conforme descrito na legenda da Fig. 2B. As células de levedura foram cultivadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (D) Os dados de transcrição mostrados no painel C foram plotados na forma de um histograma. O sinal de PCR de GAL10 o transcrito antisense na cepa de tipo selvagem foi definido como 100, e o nível de GAL10 o transcrito antisense na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. Da mesma forma, o ATO 1 nível de transcrição foi definido como 100 na cepa de tipo selvagem, e o nível de ATO 1 transcrito na cepa mutante foi normalizado em relação a 100. (E) Análise de recrutamento de RNA polimerase II para a extremidade 3 'do GAL10 sequência de codificação nas cepas de tipo selvagem e mutantes do Mediador (SRB4-WT e srb4-ts) em meio de crescimento contendo dextrose. Ambas as cepas de tipo selvagem e mutante foram cultivadas, reticuladas e imunoprecipitadas conforme descrito na legenda da Fig. 6A. (F) Os autorradiogramas para os dados ChIP mostrados no painel E.

AP Lecture Guide 17 & # 8211 From Gene to Protein

2. Identifique algumas doenças genéticas que ocorrem ao longo das vias metabólicas.

3. Qual foi a hipótese de Beadle e Tatum em relação às enzimas?

4. Como essa hipótese foi modificada?

5. O que ocorre durante a transcrição?

6. O que ocorre durante a tradução?

7. Como o processo de proteína difere em procariotos e eucariotos?

8. Explique resumidamente como Marshall Nirenberg e Heinrich Matthaei "decifraram o código genético?"

9. O que é o código genético e por que é considerado universal?

10. Liste várias características sobre o código genético.

11. Dê um exemplo do que acontece se os quadros de leitura forem alterados?

12. Liste os destaques dos três estágios da transcrição.

uma. Iniciação _______________________________________________________________

b. Alongamento ______________________________________________________________

c. Terminação _____________________________________________________________

13. O que acontece com o RNA transcrito antes de deixar o núcleo?

14. Qual é a vantagem do 5 'cap e da cauda poli A?

15. Distinguir entre exões e intrões.

16. Descreva o mecanismo de splicing do RNA.

17. O que o processamento alternativo de RNA faz pelas células?

18. Identifique os papéis dos atores do processo de tradução.

uma. Transferência de RNA ___________________________________________________________

b. Aminoacil-tRNA sintetase _______________________________________________

c. Ribossomos _____________________________________________________________

19. Identifique e descreva resumidamente as etapas da tradução. Término do alongamento de iniciação

20. Qual é a vantagem dos polirribossomos?

21. Dê um exemplo de como um polipeptídeo entra no ER para processamento adicional.

22. Como a síntese de proteínas difere entre procariotos e eucariotos?

23. Defina mutações pontuais. ______________________________________________________

24. Defina as mutações que são:

uma. Missense ______________________________________________________________

b. Absurdo ______________________________________________________________

c. Inserção ou exclusão ______________________________________________________

25. Use o diagrama para rastrear o fluxo de informações químicas do gene ao produto proteico.


Regulação negativa de β-catenina por p53 ativado

Figura 1 . Efeito da expressão de p53 induzida por DOX na organização e nível de β-catenina. As células MEF foram semeadas em lamelas, tratadas com 5 μg de DOX por ml por 24 h, fixadas e duplamente coradas para p53 usando um anticorpo policlonal p53 anti-camundongo (A, C, E e G) e para β-catenina ( β-cat) usando um anticorpo monoclonal anti-β-catenina (B, D, F e H). Bar, 10 μm. Figura 2 . Efeito da elevação de p53 nos níveis de β-catenina nas frações solúveis e insolúveis em Triton X-100 de diferentes tipos de células. As células foram tratadas com 5 μg de DOX por ml (A e B) ou 5 μg de cisplatina por ml (C e D) para os períodos de tempo indicados. As proteínas foram fracionadas em frações solúveis em Triton X-100 (pistas s) e insolúveis (pistas i), resolvidas por eletroforese em gel de poliacrilamida de dodecil sulfato de sódio e submetidas a análise de Western blot usando os anticorpos indicados na legenda da Fig. 1 e com um anticorpo antivinculina (vin). As intensidades das bandas dos géis representativos das células MEF p53 + / + (A e C) e MEF p53 - / - (B e D) foram quantificadas e plotadas (A ′, C ′, B ′ e D ′, respectivamente ) Extratos de células WI38 (E e E ′) foram manchados com o anticorpo monoclonal anti-β-catenina (β-cat), vinculina (vin) e uma mistura dos anticorpos anti-p53 humano DO1 e 1801 e analisados ​​como descrito para Células MEF. a.u., unidades arbitrárias. Fig. 3. Efeitos recíprocos da superexpressão de p53 e β-catenina nos níveis dessas proteínas e na atividade transcricional de β-catenina. (A) p53 ou um vetor de controle vazio foi transfectado em células 293. Após 20 h, as células foram fracionadas em frações Triton X-100 solúvel (pistas s) e insolúveis (pistas i) e submetidas a análise de Western blot. As posições de β-catenina (β-cat), p53 e vinculina (vin) estão marcadas. (B) Ensaios de transativação com plasmídeos repórter que expressam luciferase sob o controle da transcrição de diferentes promotores na presença de p53 e β-catenina. Barras 1 e 2, barras 3 e 4 do promotor da ciclina G (CycG), barras 5 a 8 do promotor do citomegalovírus, barras 9 a 12 do FOPFLASH, TOPFLASH. As células foram coletadas 20 h após a transfecção e submetidas a ensaios de luciferase e β-galactosidase. O erro padrão é indicado. (C) Efeito de p53 transfectado sobre os níveis de HA-β-catenina cotransfetada ou HA-placoglobina (PG) manchada com anticorpo anti-HA. As posições de β-catenina, placoglobina e p53 são indicadas. (D) As células H1299 (que são deficientes em p53) foram transfectadas com quantidades crescentes de HA-β-catenina (0 a 4 μg) e uma quantidade constante de p53 (100 ng) (pistas 1 a 3) ou com uma quantidade constante de HA – β-catenina (4 μg) e quantidades crescentes de p53 (0 a 600 ng) (pistas 4 a 7). Os níveis de HA – β-catenina (β-cat) e p53 foram determinados por análise de Western blot. A vinculina endógena serviu como controle de carregamento.

Relação recíproca entre β-catenina e expressão de p53.

Os mutantes p53 não reduzem os níveis de β-catenina

Fig. 4. Os mutantes p53 não reduzem os níveis de β-catenina (β-cat) e a capacidade de transativação. (A) Representação esquemática do mutante p53Δ13-52. TAD, domínio de transativação. (B) Transativação em células 293, usando o plasmídeo repórter TOPFLASH transfectado sozinho (barra 1) ou com HA-β-catenina (barras 2 a 4) na presença de p53 de camundongo wt (barra 3) ou o mutante Δ13-52 p53 de rato (barra 4). As células foram colhidas 20 h após a transfecção e submetidas ao ensaio de atividade da luciferase. O erro padrão é indicado. (C) Análise de Western blot para β-catenina, p53 e p53Δ13-52 em lisados ​​celulares do experimento no painel B. (D) O p53 humano wt ou um mutante p53R175H humano foi co-transfectado com HA-β-catenina em células 293 e submetido a análise de Western blot. (E) p53 pode reduzir os níveis de β-catenina em MEF deficiente em Mdm2. p53 - / - Mdm2 - / - MEF duplo mutante foram transfectados com 5 μg de plasmídeo β-catenina na presença ou ausência de 300 ng de plasmídeo p53. O nível de β-catenina transfectada (marcada com HA) foi determinado por análise de Western blot. As posições de β-catenina e p53 são indicadas. Os asteriscos nos painéis C, D e E representam uma banda não específica obtida com o anticorpo anti-HA.

Envolvimento de GSK3β e do sistema de proteassoma na regulação negativa mediada por p53 de β-catenina.

Fig. 5. O bloqueio da atividade de GSK3β, poliubiquitinação e degradação proteassomal inibem o efeito de p53 na β-catenina (β-cat). (A) HA – β-catenina em peso foi transfectada em células 293 com p53 (pistas 3 e 4) ou sem p53 (pistas 1 e 2), e metade das culturas foram tratadas durante a noite com LiCl 30 mM (pistas 2 e 4) antes da colheita das células e determinação dos níveis de HA – β-catenina e p53 por análise de Western blot. (B) wt β-catenina (faixas 1 a 4) ou o mutante HA-S33Y β-catenina (faixas 5 a 8) foi co-transfectado com p53 em células 293. Após 16 h, MG132 (25 μM) foi adicionado às amostras indicadas (pistas 3, 4, 7 e 8). As células foram colhidas 4 h mais tarde e submetidas a análise de Western blot. O painel superior mostra os níveis de β-catenina (wt ou mutante S33Y). O painel inferior mostra o p53 transfectado. (C) β-catenina marcada com VSV (1 μg) foi transfectada sozinha (pista 1) ou co-transfectada com p53 (1 μg) (pista 2) e concentrações crescentes (2 μg [pista 3] e 4 μg [pista 4]) do ΔF-β-TrCP marcado com HA dominante negativo. A β-catenina wt transfectada foi detectada por anticorpo anti-VSV, enquanto a expressão de ΔF-β-TrCP foi monitorada com um anticorpo anti-marcador HA. O asterisco indica uma banda não específica obtida com o anticorpo anti-HA.

P53 pode reprimir wt, mas não mutante β-catenina em linhas de células de câncer de cólon.

Fig. 6. wt p53 regula negativamente a β-catenina em células SW480 CRC. (A e B) As células SW480 foram transfectadas com HA-p53 (4 μg) e imunocoradas para HA (A) e β-catenina (β-cat) (B) 20 h após a transfecção. As setas apontam para as células transfectadas com p53. (C) Quantificação computadorizada de β-catenina nuclear em células de controle não transfectadas e em células transfectadas com p53. (D) Transativação em células SW480 cotransfectadas com p53 e plasmídeo repórter TOPFLASH ou FOPFLASH. As células foram colhidas 20 h após a transfecção e submetidas a ensaio de luciferase e análise de Western blot para HA-p53 transfectado. A posição de HA-p53 no Western blot é indicada. Bar, 10 μm. Fig. 7. O p53 não afeta a β-catenina mutante ΔS45 de células HCT116 CRC. (A a D) As células HCT116 foram cultivadas em lamínulas por 24 h na presença (A e B) ou na ausência (C e D) de 5 μg de DOX por ml. Após a fixação, as células foram duplamente imunomarcadas para p53 usando uma mistura de anticorpos DO1 e 1801 (A e C) e para β-catenina (β-cat) (B e D) usando um anticorpo policlonal anti-β-catenina. Bar, 10 μm. (E) As células HCT116 foram tratadas com 5 μg de DOX por ml durante os tempos indicados e fracionadas em frações Triton X-100 solúvel (pistas s) e insolúveis (pistas i). Os lisados ​​foram submetidos a análise de Western blot. As posições de β-catenina, p53 e vinculina (vin) (como um controle) são indicadas. (F) Análise quantitativa das intensidades das bandas mostradas no painel E. au, unidades arbitrárias. Fig. 8. O p53 não inibe a transativação pelo ΔS45 β-catenina de células HCT116 e de S33Y transfectado, mas inibe a atividade de β-catenina wt nessas células. (A) As células HCT116 foram transfectadas com FOPFLASH (pistas 1 a 5) ou TOPFLASH (pistas 7 a 12), juntamente com p53 (pistas 2, 4, 6, 8, 10 e 12), HA – β-catenina (pistas 3, 4, 9 e 10), ou p53 e HA-S33Y β-catenina (pistas 5, 6, 11 e 12). A atividade da luciferase foi determinada 20 h após a transfecção, e análises de Western blot dos lisados ​​celulares para a expressão de β-catenina (β-cat) (wt) e o mutante (S33Y) e para p53 foram realizadas. (B) As células HCT116 foram transfectadas com p-catenina wt e S33Y e tratadas com DOX (para elevar os níveis de p53) como descrito para a Fig. 7 (barras 7 a 12) ou deixadas sem tratamento (barras 1 a 6). A transativação conduzida pelos plasmídeos repórter FOPFLASH e TOPFLASH foi determinada. O erro padrão é mostrado.

Como os eucariotos encerram a transcrição? (esclarecimento sobre Campbell Biology) - Biologia

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Campbell Biology (Bio 181) Capítulos 16-17

Qual é a função da tradução GTP?

GTP energiza o complexo de iniciação usando fatores de iniciação.

Qual é o papel da DNA ligase no alongamento da fita retardada durante a replicação do DNA?

Ele une fragmentos de Ozaki.

Para reparar um dímero de timina por meio do reparo por excisão de nucleotídeos, em que ordem as enzimas necessárias agem?

Endonuclease, DNA polimerase I, DNA ligase.

qual dos seguintes não ocorre na expressão de genes procarióticos e eucarióticos, mas ocorre na expressão de genes ni eucarióticos?

uma. mRNA, tRNA e rRNA são transcritos
b. RNA polimerase requer um primer para alongar a molécula
c. Uma cauda poli-A é adicionada à extremidade 3 'de um mRNA e uma tampa é adicionada à extremidade 5'.
d. RNA polimearse se liga ao promotor
e. A transcrição pode começar assim que a translocação começar, mesmo que um pouco

A precisão na tradução do mRNA na estrutura primária de um polipeptídeo depende da especificidade do.

Ligação do anticódon ao códon e fixação de aminoácidos aos tRNAs.

O que significa a descrição "quotantiparalela" a respeito das fitas que constituem o DNA?

A direção de 5 'para 3' de uma fita é contrária à direção de 5 'para 3' da outra fita.

Em uma área específica de um cromossomo, a sequência de nucleotídeos abaixo está presente onde a cadeia se abre para formar uma bifurcação de replicação: 3 'C C T A G G C T G C A A T C C 5' Um primer de RNA é formado começando no T (T) sublinhado do modelo. Qual das alternativas a seguir representa a sequência do primer?
A) 5 'G C C T A G G 3'

O que pode ser determinado diretamente da difração de raios-X do DNA cristalizado?

o diâmetro da hélice

Por que uma mutação pontual no DNA pode fazer diferença no nível de atividade da proteína?

Pode substituir um aminoácido no sítio ativo

Uma nova fita de DNA se alonga apenas na direção 5 'para 3' porque.

A DNA polimerase pode apenas adicionar nucleotídeos à extremidade 3 'livre.

Qual é a função da topoisomerase?

Uma topoisomerase é uma enzima que regula o enrolamento e desenrolamento do DNA. A função é regular a topologia do DNA.

Qual das alternativas a seguir é função de uma sequência de sinal poli-A?

A. Ele codifica uma sequência em transcritos eucarióticos que sinaliza a clivagem enzimática

B. Permite que a extremidade 3 'do mRNA se fixe ao ribossomo.
C. É uma sequência que codifica a hidrólise da RNA polimerase.
D. Adiciona a cauda poli-A à extremidade 3 'do mRNA.
E. Adiciona um limite de 7-metilguanosina à extremidade 3 'do mRNA.

Um fragmento de Okazaki tem qual dos seguintes arranjos?
A) primase, polimerase, ligase
B) Nucleotídeos de RNA 3 ', nucleotídeos de DNA 5'
C) 5 'nucleotídeos de RNA, nucleotídeos de DNA 3'
D) DNA polimerase I, DNA polimerase III
E) 5 'DNA para 3'

Qual é a função da DNA polimerase III?

Para adicionar nucleotídeos ao final de uma fita de DNA em crescimento.

Existem 61 códons de mRNA que especificam um aminoácido, mas apenas 45 tRNAs. Isso é melhor explicado pelo fato de que

A) alguns tRNAs têm anticódons que reconhecem quatro ou mais códons diferentes.

B) as regras para o emparelhamento de bases entre a terceira base de um códon e o tRNA são flexíveis.
C) muitos códons nunca são usados, então os tRNAs que os reconhecem são dispensáveis.

D) o DNA codifica todos os 61 tRNAs, mas alguns são destruídos.

E) a exclusão competitiva força alguns tRNAs a serem destruídos por nucleases.

Se uma célula fosse incapaz de produzir proteínas histonas, qual das alternativas a seguir seria um efeito provável?
A) Haveria um aumento na quantidade de DNA de "quotsatélite" produzido durante a centrifugação.
B) O DNA da célula não pôde ser compactado em seu núcleo.
C) As fibras do fuso não se formariam durante a prófase.
D) A amplificação de outros genes compensaria a falta de histonas.
E) Os pseudogenes seriam transcritos para compensar a diminuição da proteína na célula.

Qual enzima catalisa o alongamento de uma fita de DNA na direção 5 'e rarr 3'?

splicing do anel, qual componente molecular do spliceosome catalisa a excisão?

O que você esperaria de uma célula eucariótica sem telomerase?
A) uma alta probabilidade de se tornar canceroso
B) produção de fragmentos de Okazaki
C) incapacidade de reparar dímeros de timina
D) uma redução no comprimento do cromossomo
E) alta sensibilidade à luz solar

Como descrevemos a transformação em bactérias?

A infecção de células por uma molécula de DNA de fago.

Uma mutação de frameshift pode resultar de
A) apenas uma inserção de base.
B) apenas uma exclusão de base.
C) apenas uma substituição de base.
D) exclusão de três bases consecutivas.
E) uma inserção ou exclusão de uma base

Para um projeto de feira de ciências, dois alunos decidiram repetir o experimento Hershey e Chase, com modificações. Eles decidiram rotular o nitrogênio do DNA, em vez do fosfato. Eles raciocinaram que cada nucleotídeo tem apenas um fosfato e dois a cinco nitrogênios. Assim, rotular os nitrogênios forneceria um sinal mais forte do que rotular os fosfatos. Por que este experimento não funciona?

Aminoácidos (e, portanto, proteínas) também têm átomos de nitrogênio, portanto, a radioatividade não faria distinção entre DNA e proteínas.

As vertentes principal e posterior diferem no sentido de

a fita principal é sintetizada na mesma direção que o movimento da bifurcação de replicação, e a fita posterior é sintetizada na direção oposta

A citosina constitui 42% dos nucleotídeos em uma amostra de DNA de um organismo. Aproximadamente que porcentagem dos nucleotídeos nesta amostra será timina?

Qual dos seguintes conjuntos de materiais são exigidos por eucariotos e procariontes para replicação?
A) DNA de fita dupla, 4 tipos de dNTPs, primers, origens
B) topoisomerases, telomerase, polimerases
C) regiões ricas em G-C, polimerases, cortes cromossômicos
D) afrouxamento do nucleossomo, 4 dNTPs, 4 rNTPs
E) ligase, primers, nucleases

Em uma situação experimental, um estudante pesquisador insere uma molécula de mRNA em uma célula eucariótica após ter removido sua capa 5 'e cauda poli (A). Qual das seguintes opções você espera que ele encontre?
A) O mRNA não conseguiu sair do núcleo para ser traduzido.
B) A célula reconhece a ausência da cauda e poliadenila o mRNA.
C) A molécula é digerida por enzimas de restrição no núcleo.
D) A molécula é digerida por exonucleases uma vez que não está mais protegida na extremidade 5 '.
E) A molécula se liga a um ribossomo e é traduzida, mas mais lentamente.

Qual é a função de um fator de liberação (RF)?

Um fator de liberação é uma proteína que permite a terminação da tradução através do reconhecimento do códon de terminação ou códon de parada em uma sequência de mRNA.

A base nitrogenada adenina é encontrada em todos os membros de qual grupo?
A) proteínas, triglicerídeos e testosterona
B) proteínas, ATP e DNA
C) ATP, RNA e DNA
D) alfa glicose, ATP e DNA
E) proteínas, carboidratos e ATP


Assista o vídeo: Aula 26 - Transcrição do DNA Biologia Molecular com animação (Outubro 2022).