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Protocolo para seleção de pontos de quebra de DNA?

Protocolo para seleção de pontos de quebra de DNA?


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Existe algum método para fazer o enriquecimento suspenso de pontos de quebra de DNA de uma célula? Eu encontrei este artigo relatando um método para enriquecer os pontos de quebra de fita simples de DNA de eventos de recombinação meiótica:
Khil PP, Smagulova F, Brick KM, Camerini-Otero RD, Petukhova GV. 2012. Mapeamento sensível de hotspots de recombinação usando detecção baseada em sequenciamento de ssDNA. Genome research 22: 957-65.

Gostaria de saber se existe algo assim que funcione em qualquer estado do ciclo celular, não apenas na meiose.


O artigo que você cita diz que os pontos de quebra são DNA de fita simples que possuem proteínas específicas ligadas a eles.

Não sou um especialista aqui, mas se essa é a causa dos pontos de interrupção meitóticos, existem algumas possibilidades interessantes para detectá-los:

você pode detectá-los com uma matriz de blocos. - é uma microarray que tem um oligômero a cada 40 bp ou mais do genoma. A matriz pode ser usada em um experimento CHP que detecta as mesmas proteínas deste artigo.

É possível que a matriz também hibridize o DNA de fita simples do genoma, se as condições forem adequadas. Mas isso parece barulhento.

No lado barato, pode ser possível usar PCR para copiar o DNA de fita simples de uma preparação de DNA cromossômico. se os oligos que você usa são marcados com estreptavidina, digamos, você poderia isolá-los, amplificá-los novamente e sequenciar de maneira barata.

qualquer um desses parece um bom trabalho :)


A resposta é sim, não apenas meiótica, mas qualquer quebra de fita dupla de DNA será detectada, desde que seja processada por recombinação homóloga. Este método (SSDS) é baseado na detecção de terminações ssDNA ressecadas em DSBs. A única diferença para as quebras mitóticas será que você não pode usar anti-DMC1 para ChIP. Em vez disso, você deve usar anti-Rad51 ou anti-RPA no ChIP.


Assista o vídeo: Proporsjonal funksjon Del 2 (Dezembro 2022).